武汉肺炎疫情爆发初期，曾传出中共官方刻意隐匿疫情。据陆媒《财新网》26日报道，早在去年12月底前，已有至少9例不明肺炎武汉病例样本完成基因组测序，且已显示为“类SARS冠状病毒”，虽然陆续呈报给国家卫健委，却被官方要求销毁，而且还下令不能擅自对外透露消息。
根据陆媒《财新网》报道，武汉市中心医院呼吸内科主任医师赵苏曾表示，该医院去年12月24日将首例华南海鲜市场的武汉肺炎患者样本送到第三方检测机构进行基因检测，3天后（12月27日），检测机构以电话通知，检测结果是“一种新的冠状病毒”，同时当天就有研究者从一名早期病例的样本上获得接近完整的病毒基因组序列，并与医院及疾控部门沟通，却未获得回应。
联合新闻网引述报导提到，当武汉市中心医院医师李文亮等人在12月30日透过微信群组发布警告讯息时，他们的言论被官方“辟谣”，且还遭到警方训诫，此外，根据一位基因测序公司的人士透露，他在1月1日接到湖北省卫健委一名官员的电话，该官员告知如有武汉肺炎的病例样本送检，就不要再检了，而已有的病例样本必须全部销毁，他还警告不能对外透露样本消息，也不能发布相关论文和数据，“如果你们在日后检测到了，一定要向我们报告”。
该报道称，国家卫健委办公厅在1月3日立即发布文件《关于在重大突发传染病防控工作中加强生物样本资源及相关科研活动管理工作的通知》，规定未经批准，不得擅自向其它机构和个人提供生物样本及其相关讯息，据病毒学家透露，通知下来后，中科院武汉病毒所被要求停止病原检测，销毁已有样本。
据该报道强调，中科院病毒所从12月30日拿到病毒样本并入库，到进行病毒分离，完成病毒基因测序，分离得到病毒毒株，直到1月11日对外公布病毒基因组序列，距离12月27日第一例基因测序确定新冠病毒，已经过15天，那几天本应是决定无数人命运的关键时刻，但大众却浑然不知。